Vodstvo fakultete sestavljajo dekan, prodekani in tajnik fakultete.

Dekana in prodekane imenuje rektor na predlog senata fakultete. Tajnik je izbran na javnem razpisu in ga po predhodnem mnenju senata fakultete in glavnega tajnika univerze imenuje rektor.

Fakulteta ima pet prodekanov, in sicer prodekana za izobraževalno dejavnost, prodekana za kakovost in mednarodno sodelovanje, prodekana za raziskovalno dejavnost, prodekana za razvoj in prodekana za študentska vprašanja. Prvi štirje prodekani so iz vrst visokošolskih učiteljev, peti je iz vrst zglednih študentov.