Laboratoriji so oblikovani za praktično izvajanje raziskovalnega in izobraževalnega dela v obliki raziskovalnih nalog in projektov. Na fakulteti delujejo naslednji laboratoriji:
- E-središče
- Laboratorij za e-sodelovanje
- Laboratorij za e-tržnice
- Laboratorij za avtomatizacijo pisarniškega poslovanja in multimedijske sisteme
- Laboratorij za ekološki management in inovacijske procese
- Laboratorij za ergonomijo
- Laboratorij za kadrovske sisteme
- Laboratorij za kakovost in testiranje programske opreme
- Laboratorij za kibernetiko in sisteme za podporo odločanju
- Laboratorij za kvantitativne metode
- Laboratorij za logistiko
- Laboratorij za odločitvene procese in ekspertne sisteme
- Laboratorij za proizvodne organizacijske in informacijske sisteme
- Laboratorij za projektni in procesni management
- Laboratorij za razvoj računalniških rešitev
- Laboratorij za management kakovosti
Centri
- Center za empirično proučevanje organizacij (CEPO)